“大众创业、万众创新”是我国社会与经济发展的新浪潮，对于医疗机构来说，创新的目的是将科技成果转化成效益。创新的形式包括原始创新、集成创新、转化医学等。
原始创新无论是在理念还是在技术方面，都需要长期的积累过程，从而建立核心思想；集成创新又叫“二级创新”，即把影像、数字医学、生物力学等已有的相关单项技术综合起来，根据专业进行组合、优化、提升；转化医学是将基础医学研究和临床治疗连接起来的一种新的思维方式。
北京大学第三医院（以下简称“北医三院”）一直以来重视临床创新，对于有自主知识产权的一些技术，医院给予很多的扶持，不少新技术获得了国家级科学技术类奖项。
2016年6月，世界首个金属3D打印定制19厘米人造脊椎植入物在北医三院顺利完成，国外同行纷纷给予了高度评价，这标志着中国3D打印技术正式开启人工椎体时代，具有里程碑式的意义。
在此基础上，医院进行了产品转化，人工髋关节的3D产品获得了国家食品药品监督管理总局注册批准，这个产品不仅比进口产品质量要好，而且更利于人体组织恢复，疗效更好，同时，价格同比进口产品下降了百分之六七十。目前，医院已研发出了十几种3D打印人体植入物，马上会有新一批的产品推出。
骨科的创新起到了带动其他学科发展的作用，如整形外科利用3D打印技术治疗颅骨缺损，肿瘤科开发3D粒子填充技术治疗肿瘤。3D打印技术在北医三院全面应用，缩短了患者的治疗时间，降低了医生的手术难度，提高了医疗质量和患者满意度。
北医三院生殖医学中心集医、教、研为一体，是生殖内分泌和不孕症诊治的综合性医疗机构。不仅辅助生殖技术，还在多囊卵巢综合征、子宫内膜异位症、复发性流产及部分遗传性疾病等多种疑难杂症的诊治方面在全国领先居国际先进水平，并成为首批国家级生殖医学临床培训基地。
生殖中心积极探索宫、腹腔镜微创手术在生殖内分泌疾病和不孕症诊治中的应用。此外，生殖中心还针对因恶性肿瘤放化疗及其他一些影响生育的问题为患者开展生育力保存的研究和服务。
2013年，生殖中心与北京大学合作在世界范围内率先开展“单个卵母细胞全基因组测序”研究，应用MALBAC单细胞基因组高通量测序技术分析了人类单细胞卵母细胞的基因组，通过分析卵母细胞的两个极体细胞推断获得卵母细胞本身的全部基因组信息。这项技术用于胚胎遗传疾病的诊断，能减少母源性先天性遗传缺陷婴儿的出生。论文成果发表在国际著名学术期刊《CELL》杂志上。
为了促使医院上下更加重视科研创新，医院设立了很多激励措施。如医院设置了每年1000万元人民币的临床重点项目科研扶持基金，给未拿到国家级项目的学科以支持。
未来，北医三院仍将以“打造新技术研发中心”为目标，不断开拓创新，推动医学进步。
